El 12 de octubre de 1949 el equipo disputó y ganó la Copa Eva Duarte de 1949 en el Metropolitano por 4-7 al vigente campeón de liga, el Barcelona. El partido de vuelta fue el 12 de septiembre en el Camp Nou y el empate 1-1 hizo que el Valencia se proclamase campeón de la Copa de Ferias 1961-62 en su primera participación. Al finalizar esta temporada el equipo disputó la primera Copa Eva Duarte, campeonato precursor de la actual Supercopa, organizada por la RFEF y que enfrentaba a los campeones de Liga y Copa de la temporada anterior. El mes de agosto se mueve el mercado debido a la inyección económica que había hecho la RFEF la cual permite al Valencia C.F. El Consejo de la Orden, cuya misión es asesorar al gran canciller en cuantas consultas le haga, y que está integrado por este, camiseta valencia cf el jefe de la Casa de Su Majestad el Rey y siete miembros entre los condecorados a elección del gran canciller.
La mediocre temporada liguera se compensó con una gran Copa del Rey en la que se alcanzó disputar la final, algo que ilusionó enormemente a la afición tras 16 años de la última final copera (1979). El rival de octavos fue el Real Madrid, consiguiendo el Valencia dos victorias por 2-1 remontando los goles madridistas con dos goles de Salenko en la ida y dos de Mijatović y Fernando en la vuelta. Sin embargo en la Copa logró sacarse la espina de las últimas finales perdidas y esta vez ganó su segunda Copa, la Copa de 1949 el 29 de mayo y de nuevo en Chamartín, donde ganó la primera. En cambio la rabia por las finales perdidas tendría su recompensa al conseguir la tercera Liga, la Liga de 1947, aunque hubo de esperar hasta la última jornada el 13 de abril en Mestalla ganando al Sporting y dependiendo de lo que sucediera en otros dos partidos. No pudo estrenarse mejor al empezar eliminando al Nottingham Forest con un 2-0 en Mestalla (con Waldo anotando los dos primeros goles europeos en la historia del club) y un contundente 1-5 en Inglaterra, y posteriormente al Lausanne suizo, al potente Inter de Milán (con doblete de goles del joven canterano Guillot en la ida) y al MTK Budapest en semifinales con dos goleadas por 3-0 y 3-7 (con tres goles del uruguayo Héctor Núñez, dos de Waldo y otros dos de Guillot).
A punto estuvo el club de conseguir un histórico doblete porque alcanzó la final de Copa pero cayó derrotado por el Atlético de Bilbao en Montjuic. La siguiente temporada fue floja en liga, pero se alcanzaron unas asfixiantes semifinales en Copa contra el F. C. Barcelona que debieron decidirse con un tercer partido de desempate, en un calendario cargado de partidos, y que terminó decantándose por los culés. En la temporada 1947-48 el equipo fue líder casi toda la segunda vuelta pero justo al final dejó escapar el campeonato perdiendo en la penúltima jornada frente al Barcelona en Mestalla, y luego los resultados en la última jornada no le fueron favorables. En lo deportivo el club se intentaba reponer de las importantes bajas, pero a las órdenes de Quincoces se alcanzó de nuevo una final en la Copa de 1952. A pesar de disputarse en Chamartín, estadio talismán para los valencianistas en las finales, y de ponerse por delante con dos goles de Badenes, el Barcelona logró igualar a dos en los últimos minutos y posteriormente ganar en la prórroga, aprovechando las lesiones de los valencianistas Asensi y del portero Quique.
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