Se terminó ganando 3-4 con goles de Morigi (69′), Claudio López (73′ y 88′) y Ariel Ortega (89′). Luego la goleada 6-1 al Racing con el estreno goleador liguero de Ilie haciendo una pareja letal con «el Piojo» López, y la tercera en el Santiago Bernabéu con goles de Mendieta e Ilie. El equipo se reforzó en el mercado de invierno con incorporaciones como Leandro y Cáceres, y ya en marzo de 1997 llegó «el Burrito» Ariel Ortega. Ese 30 de noviembre de 1997 el público de Mestalla dictó sentencia entonando varias veces, y casi con unanimidad, el «¡Paco vete ya!», concentrándose incluso a las puertas del estadio. Esto obligaba a negociar una refinanciación de la deuda mientras el máximo accionista, la Fundación VCF, no podía devolver el préstamo, lo que provocó la intervención del avalista: el IVF de la Generalidad Valenciana, pagando con dinero público parte de los intereses del préstamo: 4’8 millones de euros. Vicente Flor, sociólogo y profesor en la Universitat de València, explica que la avanzadilla que tomaron los parques norteamericanos gestó una cultura del ocio «mucho antes que caló en el público pero que llegó tarde a Europa. Obra de Vicente López Portaña.
Debido al excesivo número de extracomunitarios, Valdano debía descartar a un jugador en verano, y era Claudio López quien tenía todas las papeletas al no ajustarse al tipo de juego que deseaba el técnico argentino. La respuesta del presidente Amadeo Salvo fue que Bankia no era quien debía decidir el futuro inversor, y presentó el 22 de diciembre el interés del multimillonario Peter Lim en comprar el club con un proyecto deportivo de máximo nivel. Bankia decidió no refinanciar las deudas de la Fundación y del club al no aprobar el plan de refinanciación presentado por Amadeo Salvo y Aurelio Martínez, y además el aval de la Generalidad Valenciana había sido anulado cautelarmente por un juzgado, lo cual hizo que Bankia solicitara la búsqueda de inversores, haciendo pública la noticia mediante un comunicado mientras se producía la Junta General de Accionistas del Valencia el 10 de diciembre de 2013, algo que no sentó nada bien en el club. De cumplirse el plan de Disney, a final de año desparecerán las tiendas de Málaga, Cádiz, Palma de Mallorca, Granada, Murcia, Valencia, las dos de Madrid -en el Centro Comercial Xanadú y en el Gran Plaza 2- y las tres de Barcelona, en Portal de l’Àngel, Homebase y L’Illa.
En el año 2019 el grupo musical Bombai realizó la canción de celebración del Centenario, titulado «Eterno Junto a Ti» el cual sonó durante todo ese año, en la final de copa y en la celebración de la misma tras ganarla. Los máximos goleadores fueron Claudio López, que ya empezaba a ser letal con su velocidad al contragolpe, y Adrian Ilie con 12 goles cada uno, aunque el rumano anotó uno más en la Copa. Llegó una de las sensaciones de la temporada: el delantero rumano Adrian Ilie. Tras una gran segunda vuelta en Liga donde el Valencia consiguió 38 puntos, finalizó la temporada en el cuarto puesto, clasificándose así para la Liga de Campeones, y alcanzó las semifinales de la Europa League, donde le eliminó el Arsenal por un resultado global de 3-7. No obstante, el mejor momento de la temporada estaba todavía por llegar. Este resultado y la clasificación para la siguiente fase hicieron que el equipo mejorara en su juego. Romario se lesionó en un partido del Trofeo Naranja, lo cual le apartó de los terrenos de juego hasta dos meses y viajó a Brasil a recuperarse.
En la temporada 2001-2002, con un hasta entonces desconocido Rafa Benítez como entrenador y con futbolistas como Albelda, Baraja, Vicente, Cañizares, Carboni, Djukic, Angloma, Ayala o Rufete entre otros, el Valencia gana de nuevo un título de Liga tras 31 años sin conseguirlo. En la temporada 2003-2004 repite título y también gana la Copa de la UEFA, camiseta valencia cf logrando así un doblete histórico y situando al Valencia como mejor equipo del mundo del año 2004 según la IFFHS. Mientras el club sentaba las bases para crecer económicamente, incorporando a Adidas como nuevo proveedor y a nuevos hombres en marketing y redes sociales, aunque sin contratar ningún main sponsor para la camiseta, el equipo mantuvo un alto nivel deportivo en la Liga, llegando a ser líder y manteniéndose todo el año en puestos europeos. No disputar competición europea beneficiaba la regularidad del equipo, que vio cómo su sólida defensa se convertía en un referente (Otamendi-Mustafi), su portero Diego Alves en uno de los mejores porteros de la liga, Gayà en la revelación y Parejo en el mediocentro más goleador. A finales de la década, el club inicia su segunda época dorada con la llegada del entrenador italiano Claudio Ranieri, del veloz goleador Claudio «Piojo» López y de Gaizka Mendieta, que conquistan la Copa del Rey 1998-1999 y consiguen la primera clasificación del equipo para disputar la moderna Liga de Campeones.